W Uniwersytecie Łódzkim archeologia należy do najstarszych kierunków, powołanych do życia w momencie powstania tej uczelni w 1945 r. Stworzono wówczas Zakład Prehistorii, kierowany przez prof. dr hab. Konrada Jażdżewskiego.
Od tamtego czasu placówka ta kilkakrotnie zmieniała nazwę i była reorganizowana: w 1948 r. przemianowana została na Katedrę Prehistorii, w 1952 r. na Katedrę Archeologii Polski, a w 1967 r. na Katedrę Archeologii. Z kolei w 1960 r. Katedra Archeologii Polski została podzielona na dwa zakłady: Zakład Archeologii Polski Pierwotnej i Starożytnej (kierowany przez prof. Konrada Jażdżewskiego) oraz Zakład Archeologii Polski Średniowiecznej (kierowany przez doc. Andrzeja Nadolskiego). W 1951 r. z powodów niemerytorycznych wstrzymano rekrutację studentów i reaktywowano ją dopiero po „październikowej odwilży” w 1956 r.
W 1970 r. nastąpiła kolejna reorganizacja Katedry związana z wymuszonym odejściem na emeryturę Profesora Jażdżewskiego. Zlikwidowano wówczas wspomniane wyżej dwa zakłady. Jej nowym kierownikiem został świeżo mianowany na profesora zwyczajnego Andrzej Nadolski, który sprawował tę funkcję tylko dwa lata. Z powodu zarządzenia o jednoetatowości zdecydował się wówczas na stanowisko kierownika Zakładu Archeologii Polski Środkowej Instytutu Historii Kultury Materialnej Polskiej Akademii Nauk, którym kierował od 1962 r. Na Uniwersytecie Łódzkim zachował zlecone wykłady, a do Katedry powrócił na część etatu w 1986 r.
Kolejnymi kierownikami Katedry Archeologii byli: w latach 1971–1992 Jerzy Kmieciński, a w latach 1992–1996 Leszek Kajzer.
Rok 1981 przyniósł zmiany związane z siedzibą Katedry Archeologii UŁ. W zasadzie zapoczątkował 27-letni okres wędrówek najpierw Katedry, a potem Instytutu Archeologii. Dopóki Profesor Jażdżewski pełnił funkcje dyrektora Muzeum Archeologicznego i Etnograficznego w Łodzi oraz kierownika Katedry Archeologii obie instytucje pozostawały w symbiozie. Ten optymalny stan stał się jednak po przejściu Profesora na emeryturę trudny do utrzymania. Ponadto w miarę podejmowania nowych zadań badawczych i zatrudniania coraz większej liczby pracowników przez Katedrę posiadane w budynku Muzeum pomieszczenia stały się zbyt ciasne. Kłopoty lokalowe spowodowały, że część Katedry przeniosła się w październiku 1981 r. do budynku przy ul. S. Jaracza 78, który użytkowany był wówczas wspólnie z ówczesną Katedrą Etnografii oraz Działem Gospodarczym UŁ. Nieformalny podział Katedry Archeologii UŁ stał się faktem 1 października 1993 r., kiedy powołano równoległą jednostkę, Zakład Prahistorii, kierowany przez prof. dr hab. Romanę Barnycz-Gupieniec.
Dychotomia ta utrzymywała się do 1 czerwca 1996 r., kiedy w wyniku starań prof. Leszka Kajzera powstał Instytut Archeologii, którego został dyrektorem. Funkcję tą sprawował do 30 września 2008 roku. W okresie tym łódzka uniwersytecka jednostka archeologiczna odzyskała pełnię praw akademickich (doktoryzowania i habilitowania), uzyskała dwie pozytywne akredytacje UKA, a następnie jesienią 2008 r. PAKA.
Znacznie poprawiła się również sytuacja lokalowa Instytutu. W 1996 r. katedry, zakłady, biblioteka i pracownie były podzielone między dwa adresy: ul. Jaracza 78 i ul. Rewolucji 1905 r. 20. Na skutek konsekwentnych interwencji Profesora Kajzera jesienią 1996 r. Instytut Archeologii otrzymał lokal przy ul. Pomorskiej 96. W 1997 r. znalazły się tam wszystkie jednostki naukowo-dydaktyczne. Niestety dwie sale wykładowe, magazyn zabytków, pracowania konserwacji zabytków i biblioteka musiały pozostać w starym lokalu przy ul. Jaracza.
Instytut w tym czasie się rozrastał. Przybywało pracowników, zwiększała się również liczba studentów. W roku akademickim 2002/2003 dodatkowo zostały uruchomione studia wieczorowe (w sumie odbyły się 4 nabory). W związku z tym pozyskano kolejne lokale. Równocześnie prof. L. Kajzer czynił zabiegi o taką siedzibę dla Instytutu, która zaspokoiłaby wszystkie potrzeby, co w końcu udało się osiągnąć. W 2008 r. Instytut przeniósł się do nowej siedziby przy ul. Uniwersyteckiej 3.
W latach 2008–2016 funkcję dyrektora Instytutu Archeologii UŁ sprawowała prof. Lucyna Domańska. Od 1 października 2014 r. Instytut składa się z Katedry Prahistorii i Katedry Archeologii Historycznej i Bronioznawstwa oraz Zespołu Naukowo-Technicznego.
Od 1 października 2016 r. siedziba Instytutu znajduje się w byłym budynku Rektoratu Uniwersytetu Łódzkiego – przy ul. G. Narutowicza 65. Jednocześnie nastąpiły zmiany we władzach jednostki. Funkcję dyrektora objął prof. Seweryn Rzepecki, zaś zastępcą dyrektora został dr Olgierd Ławrynowicz. Od 1 października 2017 r. dyrektorem Instytutu jest prof. Anna Marciniak-Kajzer.
Opracowała dr Adrianna Szczerba